Според обвинението с действията си Ненчев е лишил пилотите от възможност да направят дори минималния брой летателни часове, което е престъпление по служба. "От това деяние са настъпили значителни вредни последици за армията - спаднал е през 2015 г. нальотът на пилотите от ВВС на 33 ч. за една година при установен в НАТО стандарт от 180 летателни часа за година или поне минимум 80 часа за година. Това е довело до опасност от допускане на тежки летателни инциденти поради разтренираност. Действията на министър Ненчев са довели до намаляване на броя на подготвения летателен състав и свръхнатоварване на летците, носещи бойно дежурство по Air Policing, и невъзможност за осигуряване на подготовката на млади летци на МиГ-29. Поради това е било и невъзможно да се поддържа необходимият брой подготвени летци", твърдят от прокуратурата.
Принудителното приземяване на бойната авиация беше основна теза и на Радев. "Тръгнах си от армията, защото не мога да остана подчинен на министър на отбраната, който не се вслушва в моята експертиза и се отнася към такива важни проблеми с неглижиране", каза бившият вече шеф на ВВС ген. Румен Радев, когато подаде рапорт за напускане през август. Той посочи, че нашите летци летят около 5 пъти по-малко от стандартите на НАТО, и разкритикува МО за тежкото състояние на авиацията.
Във внезапната си активност срещу министрите в оставка от кабинета на Бойко Борисов прокурорите успяха дори да привикат новоизбрания президент. Той е бил разпитан като свидетел по делото срещу Ненчев тази седмица и това е вторият му разпит - за първи път е бил викан като свидетел още преди повече от година, когато министърът заяви в интервю за "Сега", че му е предлаган подкуп.
Ненчев и Радев влязоха в остър сблъсък именно заради ремонта на изтребителите, тъй като генералът не искаше да се прекъсват договорните отношения с Русия и многократно предупреди в рапорти и до министъра, че това ще доведе до крах на ВВС. Заради невъзможността българските изтребители да летят бе взето решение чужда авиация от страни от НАТО да охранява българското небе. Всичко това доведе два пъти до оставката на Радев. Първия път премиерът го убеди да остане в армията, но втория път Радев бе непреклонен, напусна и се кандидатира за президент с подкрепата на БСП.
В сряда на излизане от следствието Ненчев определи обвинението си като "малко странно, дори да не кажа смешно". Той разбрал, че го обвиняват за това, че е накърнил интересите на руската РСК МИГ. Оплака се, че върху него имало огромен натиск, защото защитавал българския интерес. "Затова, че съм се придържал строго към българския национален интерес и към интересите на нашите партньори, т.е. към Алианса, към който самите ние принадлежим. Обезпокоително е всичко това, което се случва", обясни той. Ненчев дойде в следствието в компанията на лидера на ДСБ Радан Кънев, който е негов адвокат. И той обаче бе пестелив на думи.
Прокуратурата го опроверга изцяло. "Абсолютно не отговаря на истината твърдението, че е повдигнато обвинение заради сключените договори с Полша. Разследването не е установило нарушения при сключването на договорите за ремонтите на МиГ-29 в Полша", заяви в отговор Арнаудова. Връзка обаче има - в началото на миналия ноември в ДАНС е постъпил сигнал от гражданин, в който се твърдяло, че има нередности при полския договор. Такива не били установени, но ДАНС започнала проверка по договорите с руснаците.
Договорите с РСК МИГ всъщност не са подписани от Ненчев, а от бившия шеф на дирекция "Отбранителна аквизиция" Венислав Цанов. Според прокуратурата обаче това е направено по нареждане на министъра. Те са подписвани на 13 февруари 2015 г. Разследването срещу Ненчев на практика започва от негово интервю пред "Сега" през април м. г., в което той заяви, че му бил предлаган подкуп, за да подпише ремонтите да се правят от руската страна. Заради тези думи прокуратурата се самосезира и започна проверка. Тя бе прекратена, без да прерасне в разследване. При разпитите заместничката на Ненчев Десислава Йосифова бе разказала за договорите с РСК-МиГ. В показанията си тя твърди, че след интервюто е скрила договорите в касата си, защото те силно се разминавали с твърденията на Ненчев. Според министъра руската оферта е била за 80 млн. лв., а в договорите е записано 7,5 млн. лв. След това многократно питала Ненчев какво да прави с договорите и предлагала те да бъдат изведени в деловодството на МО. Министърът обаче й наредил да не прави това.